新設された海上保安庁への旧日本海軍幹部の入庁は、海軍幹部が公職から追放されていたため、航路啓開（掃海）部門等を除いて基本的になかった。代わって、警察機構を有していた旧内務省出身者、警察官や海事の専門家として高等商船学校出身者が多く入庁した。高等商船学校出身者は大戦中、海軍予備員として応召し士官として海軍に属していたが、海軍兵学校出身の現役将校等に比べて、激戦地において、過酷な輸送任務を強いられたため、多大な戦死者を出していた。そのため商船学校出身者と旧海軍軍人の派閥は、極めて険悪な状態が長らく続いていたといわれていた。
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警備業務：海に関わる犯罪捜査、警備などの海の公安警察・警備警察としての業務（領海警備を含む）
救難業務：海難救助、離島の急患搬送、船舶の消火、汚染防止など、海の消防機関としての業務
海洋情報業務：海図の作成、潮流の測定、防災のための海底火山・海底断層の調査など、海の測量機関としての業務
交通業務：灯台の設置・管理、航行支援システムなど、海の交通警察・海事情報提供機関としての業務
などを所管する。設置根拠は国家行政組織法第3条第2項及び海上保安庁法第1条、なお、警備業務等を円滑に実施するため、海上保安官は海上保安法第31条、刑事訴訟法第190条により特別司法警察職員と規定されている。
また、創設当時の海上保安庁（保安局）は、当分の間旧海軍艦船の保管に関する事務を掌るものとされていた[1]。